Sau quá trình tu học, ngày 29 tháng 6 năm 1979, ông chịu chức linh mục cho Tòa Thượng Phụ Lisbon [Lisboa].[4] Linh mục Clemente nhận bằng tiến sĩ về thần học lịch sử năm 1992 với luận án "Nas origens do apostolado contemporãneo em Portugal" Sociedade Católica "(1843-1853)".[2]

Trong khoảng thời gian làm linh mục, ông từng đảm trách nhiệm vụ linh mực phó các giáo xứ Torres Vedras và Runa trong năm 1980. Sau đó, vị linh mục trẻ được điều chuyển về Đại Chủng viện Giáo phận Olivais, làm thành viên của ban giảng huấn chủng viện trong chín năm, từ 1980 đến 1989. Sau quá trình tham gia giáo dục chủng sinh, năm 1989, linh mục Clemente được chọn làm Phó Giám đốc Đại Chủng viện Olivais, và ông đã giữ nhiệm vụ này đến năm 1997 thì được chọn làm Giám đốc Đại chủng viện. Ngoài các công việc giảng dạy tại chủng viện, ông còn là thành viên của nhóm phụ trách Tòa thượng phụ Lisbon từ năm 1989 và điều phối viên của Hội đồng trợ tá Tòa Thượng phụ Lisbon từ năm 1996.[2]